โรงเรียนมัธยมวัดใหม่สมุทรกิจวิทยาคม ก่อกำเนิดจากความตั้งใจของพระครูสมุทรกิจโกศล อดีตเจ้าอาวาสวัดใหม่บางปลากด ได้เล็งเห็นความสำคัญของการศึกษาในท้องถิ่น และต้องการพัฒนาประชากรในชุมชนตำบลในคลองบางปลากด ให้มีสถานที่เล่าเรียนของบุตรหลาน เพราะในอำเภอพระสมุทรเจดีย์มีโรงเรียนมัธยมศึกษาเพียง 1 โรงซึ่งไม่เพียงพอต่อการรองรับนักเรียนที่จบชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 ที่มีจำนวนมาก

พระครูสมุทรกิจโกศลจึงได้ขอความเห็นชอบจากศึกษาธิการอำเภอพระสมุทรเจดีย์  และได้รับการสนับสนุนเป็นอย่างดียิ่งจากสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรของจังหวัดสมุทรปราการทั้ง 3 ท่านในขณะนั้น ดำเนินการขอจัดตั้งโรงเรียน 

กระทรวงศึกษาธิการจึงได้ประกาศตั้งโรงเรียนมัธยมวัดใหม่สมุทรกิจวิทยาคม เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยประกาศตั้งเป็นโรงเรียนประเภทสหศึกษา เปิดสอนนักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ถึงปีที่ 3 ระยะเริ่มแรกได้รับการดูแลอย่างดียิ่งจาก นายบรรจง พงศ์ศาสตร์ ซึ่งขณะนั้นดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมสามัญศึกษา ในส่วนของจังหวัดสมุทรปราการ ได้รับการดูแลประคับประคอง จากนายบรรเลง รอดแดง นายเสริม กมลประภา ผู้อำนวยการสามัญศึกษาจังหวัดสมุทรปราการ และนายสันติ คงทน อดีตผู้อำนวยการโรงเรียนป้อมนาคราชสวาทยานนท์    

ปีการศึกษา 2536 เปิดรับนักเรียนรุ่นแรก มีนักเรียนจำนวน 65 คน ครู 3 คน โดยใช้ศาลาการเปรียญของวัดเป็นสำนักงานและสถานที่เรียนชั่วคราว ต่อมาพระครูสมุทรกิจโกศลได้ติดต่อประสานงานขออาคารเรียนและอาคารประกอบการ โดยกำหนดพื้นที่จำนวน 8 ไร่ 1 งาน เป็นที่ตั้งของโรงเรียน 

ปีการศึกษา 2541 ขยายห้องเรียน โดยเปิดรับนักเรียนถึงระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลาย มีนักเรียนระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 4 จำนวน 1 ห้องเรียน จำนวน  27  คน  และมีความเจริญก้าวหน้าเป็นลำดับ  

ปัจจุบันโรงเรียนมัธยมวัดใหม่สมุทรกิจวิทยาคม เปิดทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1-6 สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 6  สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ